De geschiedenis van de S. Sebastiano

San Sebastiano is een van de laatste kerken waar Alberti aan heeft gewerkt.

Deze kerk en Sant Andrea zijn anders dan de kerken die Alberti normaal bouwt/verbouwt.

Dat er geen pilaren in deze kerk en de Sant Andrea zitten is een keerpunt in zijn manier van denken. De zuil werd voor Alberti beschouwt als voornaamste ornament van de architectuur. Hij woog op een gegeven moment de logische muur tegen de zuil af tegen de autoritaire functie van de zuil. Zijn bedoeling was uiteindelijk deze twee te combineren. De fusie van kolom en muur werdt later door veel architecten uit de 16e eeuw overgenomen.

Voor Alberti stond de oudheid nogsteeds centraal, maar hij vroeg zich af hoe hij de muur en de kolom kon verwerken naar iets wat meer eigentijds was.
Het tempelfront met zuilen hoofdgestel en timpaan zijn nog duidelijk te herkennen in deze kerken. Het verschil is dat de cella zich naar voren heeft gedrongen en dat de zuilen daardoor in pilasters zijn veranderd.
Er is toen door Alberti vooral gekeken naar de tombe van Annia Regilla in de Valle Caffarella bij Rome.

Als je goed kijkt naar de gevel van de kerk merk je dat er een aantal dingen niet kloppen. Zo is het entablement van de San Sebastiano erg groot in vergelijking met de kolommen.
De reden hiervoor is dat er in 1470 (toen de bouw al 10 jaar bezig was) een wijziging is doorgevoerd. Er zijn in het gevelaanzcht twee pilasters weg gelaten (dit kwam waarschijnlijk door de kosten). Als we deze twee pilasters terug plaatsen dan zien we dat de proporties weer terug komen in de gevel. Het entablement is nu ook beter ondersteunt. 

De bogen onder de kerk zijn niet ontworpen door Alberti. Eveneens de trap aan de zijkant niet. De architect Ardizoni heeft deze twee afwijkende onderdelen geplaatst vanwege de lange duur van de bouw. Alberti was inmiddels overleden en de kerk was nog niet af.
 De pilasters boven de onderste bogen zijn veel breder dan de ruimte tussen de bogen. Alberti zou dit duidelijk nooit hebben gedaan. De trappen aan de voorkant zijn in 1925 bijgebouwd tijdens een renovatie.

Als we de bogen en de aangebouwde trap wegdenken ontstaat er een plaats voor een grote trap over de hele breedte van het gebouw. Dit komt overeen met de werkwijze van Alberti. "Kerken moeten op een hoog basement staan" schreeft Alberti.